En od najeminentnejših nemških pionirjev letalstva je vstopil v svet letalstva dokaj pozno. Bil je industrialec in imel v lasti tovarno parnih kotlov in ogrevalnih naprav. Leta 1913 je v Magdeburgu ustanovil tovarno Junkers Motor Works, ki je izdelovala dizelske motorje za ladje. Bil je tudi profesor na tehniški univerzi v Aachnu. Prav tam so zgradili enega od prvih vetrovnikov in tu se je Junkers zaljubil v letalstvo. V letih, ki jih je preživel na inštitutu, je patentiral leteče krilo. Letalo, ki nima trupa in je tako rekoč krilo v katerem so motorji, gorivo, krmilne površine, prostor za posadko in tovor. Revolucionarno zamisel je v praktični uporabni izdelek spravil šele John Northrop čez skoraj 40 let.
Kolegu z univerze v Aachnu profesorju Hansu Reissnerju je leta 1911 pomagal zgraditi letalo, ki je imelo kovinsko oplato krila. To je v Junkersu vzpodbudilo idejo, da bodo njegova bodoča letala v celoti zgrajena iz kovinskih materialov in bodo enokrilci. Kakor se je izkazalo je bila večina vseh letal, ki so jih zgradili po letu 1935 zgrajena iz kovinskih gradiv. Tudi dvo in več krilna letala prepredena z nosilci in žicami so hitro izginila s proizvodnih trakov.
Leta 1915 je Junkers zgradil prvo povsem kovinsko enokrilno letalo J 1. Zaradi pomanjkanja aluminija je bilo to letalo zgrajeno iz jeklenih palic in prekrito z jekleno pločevino. Ljudje so ga poimenovali Pločevinasti osel. Bil je hitrejši od nekaterih vojaških letal tistega časa in dosegel 161km/h. Ta uspeh mu je omogočil sodelovanje z Nizozemcem Anthonyem Fokkerjem, ki je za nemško vojsko takrat gradil letala. Nemška vlada mu je omogočila dostop do aluminija in Junkers je zgradil letalo J 3. Da bi demonstriral trdnost aluminijaste konstrukcije krila je nanj posedel kar 42 mož.
Ob koncu prve svetovne vojne se je posvetil konstruiranju potniških letal in leta 1923 napovedal, da bo kmalu več ljudi prečkalo Atlantik z letali kakor z ladjami. To se je zgodilo leta 1950. Zgodaj leta 1920 je Junkers prispeval k tem dosežku z konstruiranjem letala F 13, ki je imel prostora za štiri potnike. Junkers je favoriziral ustanavljanje letalskih družb tako v Nemčiji kakor tujini, da bi prodal čim več svojih letal F 13. Letalska družba Junkers Luftverkher se je leta 1926 združila z konkurenčno družbo in nastala je Lufthansa, največja nemška letalska družba. F 13 so proizvajali do leta 1932.
Leta 1928 je Hugo Junkers zgradil prvo letalo, ki je prečkalo Atlantski ocean iz vzhoda na zahod. V nasprotni smeri je Atlantik bil že večkrat premagan vendar s pomočjo vetra, ki piha v smeri vzhoda. Let v nasprotno smer pomeni leteti proti vetru in predvsem porabiti večjo količino goriva. Kar tono in pol goriva več je Junkersovo letalo potrebovalo za to pot, ki je trajala 36 ur.
Njegovo najbolj znano transportno letalo Ju 52 so izdelali v 4835 primerkih. Uporabljale so ga tako letalske družbe kakor tudi vojska. Vojska ga je uporabljala za prevoz potnikov, vojakov, tovora, kot bombnik, kot vlečno letalo za jadralce in celo kot letečo bolnišnico. Nekaj časa je bil Ju 52 skoraj edini model s katerim je letela Lufthansa. Prvi je poletel leta 1932. Ju 52 so ostali v uporabi še dolgo po drugi svetovni vojni.
V nacističnih rokah so v Junkersovih tovarnah začeli izdelovati tudi vojaška letala. Ernst Udet je želel imeti v letalskih enotah bombnik po vzoru Curtiss hawka. Tega je videl na obisku v ZDA in spoznal, da je pri bombardiranju zelo natančen. Ko se je vrnil v Nemčijo je vztrajal, da tudi oni razvijejo podobno letalo. Tako so v Junkersovih obratih razvili najbolj strašljivo in spoštovano letalo v drugi svetovni vojni Ju 87 stuka. Njegov motor je ob strmoglavem spuščanju nad cilj rohnel in med napadenimi povzročal strah. Dodatni učinek so dosegli z vgrajenimi sirenami, ki so še bolj poveličevale smrtonosni stroj. Ob boku tankom so stuke leta 1940 pripomogle k hitri zmagi Nemcev nad Francozi.
Junkersovi obrati so proizvedli skoraj 6000 stuk. Zaradi večnamenskosti letala so tovarne zgradile skoraj 15000 teh letal, ki so jih uporabljali za različne namene (bombniki, dnevni in nočni lovci, izvidniki) in so nosili oznako Ju 88. Ju 88 je bil Junkersov največji in najobsežnejši vojaški program.
Junkersova tovarna motorjev je razvila prvi turbo reakcijski motor. Ta motor so vgradili v prvo turboreakcijsko gnano lovsko letalo messerschmitt 262, ki pa zaradi velikih težav pri konstrukciji motorja jumo 004 do konca vojne ni prišel v operativno uporabo. Me 262 je sicer prvič poletel leta 1942. Motor so morali večkrat na novo konstruirati zaradi pomanjkanja surovin. Nemčija ni imela dovolj zalog kobalta, niklja in kroma. Motor, ki so ga izdelali brez teh materialov pa se je izkazal za zelo nezanesljivega. Izdelali so približno 5000 takih motorjev, ki pa so prišli v uporabo prepozno, da bi lahko vplivali na potek vojne.
Ob koncu vojne so Sovjeti zasedli Junkersove obrate v Dessau in Magdeburg. S tem je Junkersovo ime izginilo iz seznama izdelovalcev letal. Ohranil se je le njegov design turboreakcijskega motorja, ki so ga tako Američani kakor tudi Britanci s pridom uporabili v svojih letalih in seveda njegova edinstvena letala.
Težave Huga Junkersa so se začele z zmago nacistov v Nemčiji leta 1933. Bil je pacifist in socialist in zato tudi trn v peti Nacistov. Nekaj časa je bil celo v hišnem priporu. Nacistom je moral predati licence in svoje tovarne v Dessau in Magdeburgu, kjer so izdelavo potniških letal zamenjali z izdelavo vojaških. Umrl je leta 3. februarja 1935 leta na svoj rojstni dan.